菲鹰航空、宿务太平洋航空、菲律宾航空和亚洲飞龙航空都有航班往返马尼拉和公主港。宿务太平洋航空还有航班往返宿雾和公主港。从公主港也可搭乘小飞机飞往巴拉望的其他地方,如爱妮岛、科伦等。机场税100P/人。目前有两大国内线,航空公司 Cebu Pacific (往来地区为马尼拉跟宿雾) 跟 Philippines Airlines & Air Philippines (往来马尼拉),其他国内线公司包括 Asian Spirit 与 Seair (El Nido 爱妮岛跟 Coron科隆) 也有小型航班飞行, 但是航班表时常变动,淡季不一定有飞,除了定位购票比较不便以外,出发前务必要跟航空公司确认行程。