孙吴县位于中国综合自然区划的兴安岭——长白山区，小兴安岭山脉北麓，属于低山丘陵区，地处黑龙江省北部，黑河市中部，也几乎是中国最北部的县市之一。孙吴县是黑河市的重要交通枢纽。边境线长35公里，与俄罗斯阿穆尔州的康斯坦丁诺夫卡区隔黑龙江相望。有满族、达斡尔族、俄罗斯族、鄂伦春族等19个少数民族。这里自然资源丰富，既有丰富的矿产资源，又有种类丰富的野生动物，更有大片森林树木覆盖。