墨竹工卡县位于西藏自治区中部、拉萨河中上游、米拉山西侧，境内山川相同，河谷环绕，草原广布，地势呈东高西低，平均海拔4000米以上。米拉山途经墨竹工卡县，高达5018多米，耸立在拉萨之东。拉萨河流经墨竹工卡，是雅鲁藏布江中游一条较大的支流，也是世界上最高的河流之一。