地铁
南京目前运营的地铁线路共计9条，贯穿了市中心及各大主要的交通点、景区，已基本能满足市民的出行需求。游客从火车站、机场前往市区或从市区前往长江大桥，中山陵景区、总统府、夫子庙等景点都可以选乘地铁。尤其是早晚高峰路段，地面上长江大桥及市中心新街口地区尝尝堵塞的无法动弹，搭乘地铁则节省了大量的宝贵时间。
南京地铁目前有三条地铁线路横跨长江而过，连接江南与江北区域，狭长的跨江隧道长达6、7公里，在中国实属罕见。地铁跨江部分为10号线绿博园至临江路站，3号线上元门至柳洲东路站，S3号线刘村至马骡圩站。
南京地铁预计在2020年发展到拥有17条城市地铁以及6条城际快线，将进一步缩短南京与周边中小市县的距离。
票价
南京地铁票价从2-9元不等，如果游客仅在市区周边的各景点游玩的话，单程票价不会超过4元。
运营时间
地铁运营时间大致从早6：00-23:00。
地铁站—景区对照单
中山陵景区——下马坊
总统府——大行宫
夫子庙秦淮河风光带——夫子庙
市中心新街口——新街口
南京大屠杀遇难同胞纪念馆——云锦路
公交车
南京公交车班次频繁，覆盖市区、近郊大面积区域，十分方便。1-159路为市区线路；3开头为多为市区小型巴士；8开头为市区的夜线；游字开头的为市区旅游线；6开头为浦口区、六合区公交线；区字开头为江宁区内公交线，夜字开头为江宁区内公交夜线；文字开头为连接市区和郊区的郊区线路。
票价
南京市公交车大部分无人售票，车票价位2元，需自备零钱，如果为金陵通卡的话，3、4、5、10、11月5个月为1.2元；其余月份1.6元。部分连接主城和郊区的公交车（特别是去江北的）仍是有人售票，分段计算票价，票价1元到4.5元不等。
运营时间
大部分公交车从早5:00运营至深夜22:30，夜间线路则是从23:00运营至清晨。
南京多隧道、过桥、转弯路段。公交车司机开车也较快，较猛。乘客要抓稳坐好，以免跌倒。
出租车
南京有四类出租车，分别为普通出租车，英伦出租车，凯美瑞、天籁中档出租车以及比亚迪电动出租车。每类型的出租车起步价及每公里费用均有不同。
普通出租车
普通出租车起步价11元，起步公里为3公里，超过起步公里数每公里2.4元.
英伦出租车
英伦出租车起步价11元，起步公里为2公里，超过起步公里数每公里2.9元。
凯美瑞、天籁出租车
凯美瑞、天籁出租车起步价11元，起步公里为2.5公里，超过起步公里数每公里2.9元。
比亚迪电动出租车
比亚迪电动出租车起步价11元，起步公里为2.5公里，超过起步公里数每公里2.9元。
轮渡
南京长江河道两岸分布着多个渡口，江上的渡轮航线众多，协助往来江南与江北区域的市民跨过长江，是往来两区最便捷的方式之一。渡轮不仅可以上人，还可以骑着自行车或摩托车上去。
最有历史感的渡口便是中山码头和对岸的浦口码头，两座码头间运营着宁浦线。渡轮不光运送着来往的南京市民，也是众多游客游览长江，与长江近距离接触的优质之选。游客还可以搭乘宁浦线前往著名的浦口火车站。
票价
中山码头（江南）——浦口码头（江北）的宁浦线单程2元，有南京公交卡“金陵卡”的游客仅需1元。
运营时间
宁浦线轮渡航程约15分钟，从早5：00—晚23：00每20分钟一班，终年开放。
其他航线
江心洲——有恒、江心洲——上新河、江心洲——棉花堤，这3条线路在江心洲葡萄节期间（7月底-8月底）十分繁忙。还有燕子矶——六合玉带乡、燕子矶——八卦洲、八卦洲——大厂镇3条线路。
中山码头
浦口码头
环城观光巴士
线路
线路一：中山陵—总统府—六朝博物馆—江宁织造府
线路二：总统府—台城—玄武湖
线路三：总统府—夫子庙
线路四：总统府—江宁织造府—莫愁湖—侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆—赏心亭—胡家花园—夫子庙（近期开通）
线路五：(老城南线)瞻园—老门东—中华门城堡—大报恩寺—雨花台
线路六：(夜游线)总统府—夫子庙—老门东—中华门城堡—大报恩寺—紫峰大厦（近期开通）
票价
乘坐“南京环城游”观光巴士，可使用“城游卡”，分别单次卡10元、一日卡20元，两日卡30元，现役军人、人民警察、残疾人等特殊群体凭有效证件可购买优惠卡(乘坐每次5元)。老年人(70周岁以上)、1.2米以下儿童免费。
运营时间
全年无休，首末班时间为每天9:30-16:30。
双层观光巴士
线路
1号线（东郊线）：从中山陵出发，途中主要经过明故宫、鸡鸣寺·玄武湖、鼓楼公园、总统府·梅园新村、南京博物院、明孝陵、中山陵等景点。
2号线（古城线）：则是从雨花台南大门出发，经过江东门纪念馆、莫愁湖南大门、大报恩寺遗址公园、瞻园、总统府·梅园新村等站点。
票价
观光车的车票是30元/张，可在 24小时内不限次数、不限线路的循环乘坐。2条线路间设置了总统府站免费换乘。上车刷卡后，司机会分发一个红色的小耳机，以及都市观光地图，将耳机插入座椅后面拥八国语音解说系统的设备，就能听到详细的讲解。
运营时间
全年无休，首末班时间为每天9:00-17:00。