飞机
新疆是国内机场最多的省份，以乌鲁木齐为中心，已经通航了伊宁、阿勒泰、吐鲁番、哈密、喀什、和田等十几个地区。
飞机来往新疆各地最快捷的方式，但飞机票价较高、且无法欣赏路途风景。淡季时，部分航线可能减少甚至取消，灵活性较低。此外，机场大多坐落在市郊，出入市区时间较长且不好把握。所以，一般情况下，旅客大多不会选择这种方式将所玩目的地串联。
如果时间比较紧急且目的地距离较远，可考虑飞机直飞。
乌鲁木齐地窝堡国际机场
乌鲁木齐机场的安检非常严格、细致。除了对旅客正常办理的交运行李采取更为严格的检查措施外，还要求脱鞋、解皮带检查。
因为机场人流量特别大，所以建议乘客最好提前2个小时到达机场，以免错过航班。
伊宁机场
Yining Airport
阿勒泰机场
Allah Valley Airport
喀什国际机场
Kashi Airport
火车
火车是一种性价比较高的，往来新疆内部城市的交通方式。除了价格便宜，火车受天气影响也较飞机、汽车较小，一般都能按时出发与到达。但火车只能在固定线路上往返，灵活性低，无法随心领略路途风景。此外，因火车票较抢手，所以需算好时间提前预定，否则买不到的风险会很高。但对于游玩人数较少，包车不方便的人来说，是一种不错的交通方式。
新疆境内铁道线路虽然不算多，但普遍里程较长，主要有兰新铁路新疆段、北疆铁路和南疆铁路等几段重要铁路。乌鲁木齐、吐鲁番、哈密、阿勒泰、伊宁、喀什、和田等重要城市都可乘火车抵达。
新疆时常受到沙尘狂风的侵袭，因此从乌鲁木齐途径吐鲁番库尔勒到喀什地区的火车，常常因沙尘暴变更或取消，要做好随时改变行程时间的准备。
乌鲁木齐
乌鲁木齐站
乌鲁木齐南站
乌鲁木齐西站
吐鲁番
吐鲁番火车站
吐鲁番北站(高铁站)
如果从吐鲁番去乌鲁木齐，要尽量买动车票，实惠快捷，而且从北站出发比较方便。如果非要从吐鲁番站出发，要尽量买白天的车次，并且至少提前两小时从市区出发，才不会误点。 —— 游记 《如果流浪是你的天赋，那你一定是我最美的追逐「丝绸之路」》
哈密
哈密站
喀什
喀什站
自驾
新疆路途风景优美，路况较好，非常适合自驾游玩。现在，越来越多的游客喜欢自驾前往新疆，或选择其他交通方式先抵达新疆，再到当地租车自驾出行。
自驾最大的优势就是随走随停，完全按照自己的意愿规划路线，且不受时刻表的约束，自由度非常大。劣势是开车的人较为辛苦，对当地情况不熟，如果遇到紧急情况可能无法应对自如。
路况
新疆境内主要国道的路况都比较好，但途径山区、沙漠等特殊区域的路段会比较复杂。独库公路、乌库公路等需要翻越冰达坂，冬天会大雪封山。218国道尉犁-若羌段，有时会被沙漠淹埋。布尔津至喀纳斯湖是山路，也需要注意安全。
行车里程、时间参考
以下是部分地区往来的里程和时间，可参考规划行程。
北疆地区
| 起点 | 终点 | 里程 | 时间 |
|---|---|---|---|
| 乌鲁木齐 | 五彩城 | 260公里 | 3小时30分 |
| 吐鲁番市 | 193公里 | 2小时40分 | |
| 奎屯市 | 233公里 | 2小时25分 | |
| 五彩城 | 260公里 | 3小时35分 | |
| 五彩城 | 阿勒泰市 | 442公里 | 5小时45分 |
| 布尔津县 | 阿勒泰市 | 105公里 | 1小时45分 |
| 喀纳斯景区 | 137公里 | 3小时10分 | |
| 魔鬼城 | 201公里 | 3小时15分 | |
| 奎屯市 | 魔鬼城 | 245公里 | 2小时45分 |
| 赛里木湖 | 292公里 | 3小时35分 | |
| 赛里木湖 | 霍尔果斯口岸 | 110公里 | 2小时35分 |
| 伊宁市 | 赛里木湖 | 142公里 | 2小时25分 |
| 霍尔果斯口岸 | 100公里 | 1小时35分 | |
| 巩乃斯森林公园 | 292公里 | 4小时35分 | |
| 吐鲁番市 | 哈密市 | 398公里 | 4小时20分 |
南疆地区
| 起点 | 终点 | 里程 | 时间 |
|---|---|---|---|
| 库尔勒 | 吐鲁番 | 400公里 | 5小时30分 |
| 库车县 | 294公里 | 4小时25分 | |
| 库车县 | 阿克苏市 | 253公里 | 2小时55分 |
| 喀什市 | 阿克苏市 | 460公里 | 4小时40分 |
| 红其拉甫口岸 | 293公里 | 6小时50分 | |
| 和田市 | 506公里 | 7小时05分 |
注意事项
保护环境
都说最美的风景在路上，所以在欣赏风景的同时也要记得保护沿途环境。
包车
在新疆旅行，包车也是一种比较普遍，且游客乐意采用的交通方式。与自驾相比，包车免去了自驾的劳苦。又因为司机对当地状况比较了解，对于行程、住宿、餐饮都可以给出比较有价值的建议，复杂路况也能更好得应对。
包车有几种可选择的车型，选5座和7座的居多。5座车的价格大约在500-800元/天，根据时段和线路的不同会有差异。
长途巴士
新疆的公路交通网较为完整，由乌鲁木齐为中心辐射全自治区各地州市。车型一般分为普客、快客和卧铺。
如果路途较长，不建议乘坐长途巴士往返，容易造成疲惫，影响游玩质量。