飞机
马来西亚的国内航线十分便利，除了马航之外，还有Pelangi Berjaya Air，Air Asia，Transmile和Mofaz Air。这5家航空公司均提供定时的航班，来往于马来西亚的各个城市中。
如果遇上机票打折，乘坐国内航班是去各个旅游城市的最佳方式，省时快捷。尤其是东、西马来西亚之间，跨越一片海洋，乘坐飞机很便捷，1小时左右就能到达。
火车
马来西亚的铁路网，从马来西亚半岛北部延伸到南部，从东伸展到西，为旅客提供便利的交通。但是游客一般很少选择火车作为主要的交通方式，因为相对大巴来说，火车耗时更长。
西马来西亚主要有2条铁路主干道，分为西海岸线和东海岸线。东西海岸线上各有一些支线，比如吉隆坡—丁生港支线。城市人在周末经常走这条线去海滨。吉隆坡—巴生港、吉隆坡—石洞，塔坝路—安松海滩之间也有线，支线火车上乘客很少。
东马来西亚也有铁路。连接哥打基纳巴卢—帕帕尔—泰侬的沙巴。现在这条线上每天有两班车，用内燃机车牵引，速度较慢，但却让人充分体会火车旅行的情调。沿着婆罗洲岛唯一的铁路去访问那些默默无名的小镇，十分浪漫。
马来西亚有针对游客推出“旅客铁道通行证”。
通行证有两种：(1）有效期为10天的55美元，(2）有效期为30天的120美元，旅游者可以任选不同等级的列车，适合时间比较充裕的，把火车当做主要交通工具的游客。
长途大巴
长途大巴是除飞机外，游客最常使用的一种交通方式了，来往于马来西亚各大旅游城市间，非常方便。例如：从吉隆坡-马六甲坐大巴大概需要2小时，吉隆坡-槟城约需要5个小时。
马来西亚境内有很多运营城市间巴士的公司，有国营和私人的，巴士座位都很舒适，收费合理。但为了安全起见，建议游客选择口碑人气俱佳的国营公司出行，主要有Transnation Express和 Sani Express这两家公司。
马来西亚长途大巴支持网上订票，可以用信用卡支付，而且有中文页面，方便了中国游客。
渡轮和水翼船
渡轮和水翼船定时来往于马来半岛与凌家卫岛、槟城、邦喀岛以及刁曼岛这几个著名的岛屿之间。此外从新加坡的漳宜码头至柔佛州迪沙鲁的Tanjung Belunkor之间也有渡轮。去海岛、时间充裕的游客可以尝试坐船旅行。
出租车
马来西亚的出租车分为两种：市内和郊区的短途车和长途。出租车站一般在市中心，紧靠公共汽车站。车顶上安着一块牌子，写明“TEKSI”或“KERETA SEWA”，车门多不是自动的，需自己开关。下车时不要忘记关门。
坐出租车时如果用英语与司机谈价钱，15（FIFTEEN）与50（FIFTY）往往分不清，13—19之间的数字最好说成ONETHREE，ONENINE，就不会出错。斋月间司机往往很疲劳，开起车来也会让人不放心。若觉得不太安全可以换乘一辆车，因为斋月间事故发生率很高。
租汽车和摩托车
在马来西亚租借汽车或摩托车时，需祟国际驾驶许可证。开车者年龄要求在21—60岁之间。有的租车公司要求在23岁以上，领到驾驶执照不满一年者，有的公司不借给车。车辆都靠左行驶，必须系好安全带。马来西亚人一般都遵守交通规则，但有时也有摩托车狂奔乱跑，或者有动物跑到公路上，开车时要小心。
在槟榔屿或兰卡威岛租借摩托车周游是很经济的。租金每天20马元以上，各租车公司的车种并不相同。开摩托车必须戴头盔。公路虽然很好，但速度太快则十分危险，沿海岸的公路上常堆积着沙子，造成车轮打滑，这也应该注意。